起草股权转让协议时除了合同必备条款如标的、价款（转让比例、转让对价）及其支付方式、违约责任、争议解决方式、权利与义务等条款外，股权转让协议还有一些特别需要注意的条款。
(一)股权转让协议中关于陈述与保证的条款
1. 关于转让人出资到位的陈述与保证。因为按照公司法规定，若转让人存在未履行出资义务、未完全履行出资义务或者抽逃出资的情况下，如果受让人知道或应当知道，受让人要在出资不足的范围内与转让人承担连带责任。
2. 如果转让人为发起人、董监高人员，须要求对方对其限制转让的情形作出陈述与保证。
3. 关于股权的完整性与有效性的陈述与保证。拟出让的股权是转让方合法取得的完整权利，股权上没有设定任何担保(质押)或其他权利负担。
4. 为防止出现无权处分的情况，如夫妻共有，可单独列明“若因第三人主张权利导致受让人合同目的无法实现，转让人应赔偿由此给受让人带来的损失。损失标准无法计算的，以转让款的百分之×作为计算标准。”
(二)股权转让期间的红利分配条款
(三)优先购买权条款
对外转让股权给非公司股东的第三人时，优先购买权条款非常重要，一定要有其他股东对优先权的处理。
(四)股权内部登记条款
内部登记的重要性在于它是确认投资者股东身份的主要依据。当受让人出资受让股权后，如果其姓名或名称尚未记载于工商登记中，并不影响其股东的地位，只要在公司内部登记资料中进行了登记即可。内部登记主要是指：公司股东名册、股东会会议记录、出资证明等。要求公司在股权转让协议上加盖公章，可以作为防范措施。
(五)报批义务条款
在有限公司，股权转让的直接后果是导致公司股东的变更和章程的修改;在股份公司，若因股权转让导致董事、监事、经理人员的变动或章程修改，都会涉及工商行政管理机关的变更登记程序。如果涉及国有股权转让或外资企业股权转让，须履行行政机关审批程序
(六)风险转移与追偿
公司经营的利益分配和投资亏损的承担，以及如果遭第三方起诉、查封财产、追究股东责任等情况下，以什么时间节点为转让人和受让人权利义务转移的标准。比如：以签订股权转让协议时为准、以受让方付清全部转让款和其他转让义务时为准、以办理了公司内部股权变动登记为准、以工商登记为准等。这种约定只具有对内效力。
(七)股权转让协议的司法管辖
新修改的《民事诉讼法》已经将公司设立、确认股东资格、分配利润、解散等纠纷提起的诉讼，确定为由公司住所地人民法院专属管辖。股权转让协议作为合同，依《民事诉讼法》第二十三条的规定，由被告住所地或者合同履行地人民法院管辖。但是，股权作为一种权利，而非实物，合同履行地的确定往往比较困难。鉴于该法第三十四条允许合同双方可以书面协议选择被告住所地、合同履行地、合同签订地、原告住所地、标的物所在地等与争议有实际联系的地点的人民法院管辖。此即约定管辖的规定。因此，建议在股权转让协议中列明管辖法院。
（八）在金额较大的股权转让交易中需要特别注意的地方
大宗的股权转让一般会要求律师做尽职调查，律师会向客户提示交易中可能存在的各种潜在风险，那么在股权转让合同中就要对比较明显的风险进行“针对性覆盖”，做一些特别约定。比如发现可能存在潜在的知识产权侵权，会产生被权利人索赔的风险，就可以约定在转让后一年内被起诉所造成的损失由原股东负责赔偿。
起草股权转让协议时，需要特别注意上述的这些条款。同时，顺带提醒下大家在股权转让具体操作上面需要注意的一些问题：
1. 股权转让时，若将全部股权转让给一个自然人，则存在公司性质变更的问题（仅限于有限责任公司）。若全部股权转让给某一自然人，则公司性质也应该同时变更为一人有限责任公司；若全部股权转让给某一法人，则必须注意该法人是否也是一人公司，若也同时为一人公司，则无法进行转让。
2. 股权转让时必须注意法人的法定代表人、董事长（执行董事）、监事是否进行相应变更。
3. 股权转让前后的两次股东会决议（新、老股东会决议或股东决议）。
4. 别忘记公司章程修正案也需要同时递交进工商行政管理机关。
